阿拉尔市地处天山南麓，塔克拉玛干大沙漠北缘，阿克苏河与和田河、叶尔羌河三河交汇之处的塔里木河上游。东邻沙雅县，西依阿瓦提县，南、北靠阿克苏市，东北接新和县。东西长130千米，南北宽60千米。
阿拉尔市总面积4196平方千米，占农一师总面积的65.5％；其中城区规划控制面积879.64平方千米，城市总体规划建设总用地21平方千米。市人民政府住所地：阿拉尔市胜利大道 。
阿拉尔市是新疆生产建设兵团直辖的县级市，实行师市合一的管理体制。
阿拉尔市水土资源充沛，光照时间长，气候宜人，年均气温10.7℃,≥10℃积温4113℃,无霜期220天,年日照2900余小时,4-10月平均日照9.5小时,适宜长绒棉、细绒棉栽培。灌溉水源主要引自阿克苏河和塔里木河，已建有多浪、胜利、上游三大平原水库，总水面248.8平方公里，库容5.18亿立方米。地下水资源丰富，有很大的开发潜力。土壤属塔里木河平原,地势平坦,高差为1/3000,经多年开垦发育为灌耕草甸土。